Keywords :
SARS-CoV-2; COVID; Modulation; Interaction; Natural products; MDS; Kd; Protein protein interaction; ACE2; SARS-CoV-2 SpikeRBD; SARS-CoV-2 SpikeRBD/ACE2 interaction; SARS-CoV-2 SpikeRBD/ACE2; SARS-CoV-2 SpikeRBD/ACE2 complex; Complex; Protein complex; Dissociation constant; Affinity; COVID-19; Quercetin; Naringenin; Naringin; Ivermectin; Rhubarb; Extract; Erythromycin; Quinoa; Chenopodium quinoa Willd.; Ginkgo; Ginkgo biloba L.; Chloroquine; Fluidic; Fluidic Analytics; Microfluidic Diffusional Sizing; Quinoa seed; Quinoa husks; Rhubarb roots; Ginkgo biloba leaves; Rh; Hydrodynamic radius
Abstract :
[en] The interaction between SARS-CoV-2 SpikeRBD and ACE2 proteins is a crucial step in host cell infection. Without it, the entire virion input mechanism is compromised. The aim of this study is to modulate this interaction through the action of promising natural products. To do this, the Microfluidic Diffusional Sizing, a new technique, is used. This will first allow us to measure the interaction governing the protein complex via the measurement of the dissociation constant (Kd). And, in a second step, to modulate this interaction using various natural products. This second step involves modifying the hydrodynamic radius (Rh) of the protein complex, each of which is present in equimolar quantities. At the end of this study, 5 of the 9 natural products tested have modulatory activity: (i) Chenopodium quinoa Willd seed envelope methanol extract, (ii) ivermectin, (iii) naringenin, (iv) quercetin, (v) Ethanolic extract of rhubarb roots. This allowed us to establish perspectives for the study of these or related substances.
[fr] L’interaction entre les protéines SARS-CoV-2 SpikeRBD et ACE2 est une étape cruciale dans
l’infection des cellules hôtes. Sans elle, tout le mécanisme d’entrée du virion est compromis.
Le but de cette étude est de moduler cette interaction grâce à l’action de produits naturels
prometteurs. Pour ce faire, le Dimensionnement diffusionnel microfluidique (Microfluidic
Diffusional Sizing), une nouvelle technique, est employée. Celle-ci nous permettra, dans un premier temps, de mesurer l’interaction régissant le complexe protéique via la mesure de la constante de dissociation (Kd). Et, dans un second temps, de moduler cette interaction à l’aide de divers produits naturels. Cette seconde étape consiste à modifier le rayon hydrodynamique (Rh) du complexe protéique, dont chacune des protéines est présente en quantité équimolaire. A l’issue de cette étude, 5 des 9 produits naturels testés présentent une activité modulatoire : (i) L’extrait méthanolique d’enveloppes de graines de Chenopodium quinoa Willd, (ii) l’ivermectine, (iii) la naringénine, (iv) la quercétine, (v) l’extrait éthanolique de racines de rhubarbe. Ceci nous a permis d’établir des perspectives d’étude de ces derniers ou de substance apparentées.
[zh] SARS-CoV-2 SpikeRBD与ACE2蛋白的相互作用是宿主细胞感染的关键一步。没有它，整个病毒体输入机制就受到损害。
这项研究的目的是通过有希望的天然产物的作用来调节这种相互作用。为此，采用了微流体扩散尺寸（Microfluidic Diffusional Sizing）这一新技术。这将首先让我们通过测量解离常数（Kd）来测量支配蛋白质复合物的相互作用。第二步，用
各种天然产物。这第二步涉及修改蛋白质复合物的流体动力半径（Rh），每一个都以等摩尔量存在。在这项研究结束时，9种天然产物中有5种具有调节活性：（一）奎诺尔种子包膜的甲醇提取物、（二）伊维菌素、（三）柚皮素、（四）喹皮素、（五）大黄根的乙醇提取物。这使我们能够建立研究这些或相关物质的观点。
