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Le ZOOSCAN: un système d'imagerie rapide pour la mesure et la classification automatique du zooplancton
Warembourg, C.; Grosjean, Philippe; Picheral, M. et al.
2005In Journal de Recherche Océanographique, 30, p. 1-12
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Keywords :
[en] ZOOSCAN; [en] zooplankton; [en] automatic classification; [en] image analysis
Abstract :
[fr] L'abondance et la composition du zooplancton peuvent être rapidement estimées à partir d'images numérisées de zooplancton recueilli à l'aide de filets. Ce système appelé ZOOSCAN utilise l'analyse d'image et les méthodes automatiques de classification d'objets pour compter, mesurer et classer automatiquement les organismes zooplanctoniques. Le système a été testé avec des échantillons provenant d'une série temporelle de 9 ans, pêchés chaque semaine dans la rade de Villefranche-sur-Mer. Dans cette étude, nous présentons la numérisation des échantillons, le système d'analyse d'image utilisé pour isoler, compter et mesurer les objets et la première utilisation pratique d'un algorithme d'identification conçu pour discriminer ces objets sur une longue série historique. Le dénombrement des organismes du zooplancton par l'analyse d'image a été validé grâce à un comptage à la loupe binoculaire. Les résultats sont similaires (R2=0,98) mais la méthode automatique est trois fois plus rapide que la méthode traditionnelle. Grâce à un algorithme (discriminant vector forest, DVF) integré dans une méthode d'identification semi-automatique, le succès de reconnaissance varie de 50 à 90% pour les 17 groupes du zooplancton retenus dans cette étude. Le ZOOSCAN est donc un système rapide et non-destructeur adapté à l'étude de l'abondance et de la taille des organismes simultanément avec leur classification en groupes faunistiques. Grâce à sa vitesse d'exécution (30 minutes par échantillon), il est tout à fait adapté à l'analyse de grandes séries temporelles ou spatiales, permettant ainsi la détection d'évènements exceptionnels ou des changements dans les tendances à long terme au sein de l'écosystème étudié. Ce système est breveté par le CNRS.
Disciplines :
Phytobiology (plant sciences, forestry, mycology...)
Author, co-author :
Warembourg, C.
Grosjean, Philippe  ;  Université de Mons > Faculté des Sciences > Service d'Ecologie numérique
Picheral, M.
Ibanez, F.
Gorsky, G.
Language :
French
Title :
Le ZOOSCAN: un système d'imagerie rapide pour la mesure et la classification automatique du zooplancton
Publication date :
01 January 2005
Journal title :
Journal de Recherche Océanographique
ISSN :
0397-5347
Publisher :
Union des Océanographes de Frances, Paris, France
Volume :
30
Pages :
1-12
Peer reviewed :
Peer reviewed
Research unit :
S807 - Ecologie numérique
Research institute :
R150 - Institut de Recherche sur les Systèmes Complexes
Commentary :
Lecture en ligne: http://www.obs-vlfr.fr/LOV/ZooPart/ZooScan/IMG/pdf/JRO_2005.pdf
Available on ORBi UMONS :
since 10 July 2010

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